মহেন্দ্রনাথ দত্ত ছিলেন স্বামী বিবেকানন্দের (SWAMI VIVEKANANDA) দ্বিতীয় ভাই। তিনি জন্মগ্রহণ করেন বাংলা ১২৭৫ সালের ২৯শে শ্রাবণ (ইং ১৮৬৯ সালের ১লা আগস্ট) পৈতৃক বাড়ী অধুনা খ্যাত ‘মহেন্দ্র তপক্ষেত্র’ ৩নং গৌরমোহন মূখার্জী ষ্ট্রীট, কলকাতা-৬। তাঁর পিতা বিশ্বনাথ দত্তের মৃত্যুকালে তিনি ছিলেন বিদ্যালয়ের নীচের ক্লাসের ছাত্র। তাঁর স্কুল জীবনেই তিনি কেশবচন্দ্র সেন, শ্রীমৎ বিজয়কৃষ্ণ গোস্বামী এবং ব্রাহ্ম সমাজের সংস্পর্শে এসেছিলেন। কলকাতার মেট্রোপলিটন স্কুল থেকে তিনি ১৮৮৮ সালে এন্ট্রান্স পরীক্ষা এবং ১৮৯১ সালে জেনারেল এ্যাসেমব্লি (বর্তমান স্কটিশচার্চ কলেজ) থেকে এফ,এ পরীক্ষায় পাশ করেন। খুব ছোটবেলা থেকেই তিনি শ্রীরামকৃষ্ণদেব (SRI RAMAKRISHNA) এবং তাঁর অনুরাগীদের সংস্পর্শে এসেছিলেন। স্বামী বিবেকানন্দ (SWAMI VIVEKANANDA), স্বামী অভেদানন্দ, স্বামী সারদানন্দ, মহাকবি গিরিশ ঘোষের সঙ্গে থেকে তিনি প্রাচ্য ও পাশ্চাত্য সাহিত্য, বিজ্ঞান ও দর্শনশাস্ত্র অধ্যয়ন ও আলোচনা করতেন। ফাদার লাফোঁ ও ডঃ মহেন্দ্রলাল সরকার প্রভৃতি মহাপুরুষের সংস্পর্শেও তিনি আসেন।